En 1757 llega a la ciudad de Quito el funcionario español Juan Pío de Montúfar y Frasso, quien era primer marqués de Selva Alegre y acababa de ser nombrado presidente de la Real Audiencia. Por su condición de recién llegado, debió hacerse prontamente con varias propiedades, entre las que se encontraban la Casa Cadisán (hoy Palacio de Montúfar) en el centro de la ciudad, y las tierras al occidente de La Alameda de Añaquito, una ciénega a escasos diez minutos al norte de la urbe donde los pastores solían llevar sus rebaños.

A inicios de 1758 el marqués contrae matrimonio con la joven Teresa de Larrea y Santa Coloma, a la que decide obsequiarle una casa de fin de semana cuando quedó embarazada de su primer hijo. El sitio fue escogido por la misma marquesa de entre las pocas propiedades rurales que su esposo había adquirido hacía un año de su llegada, y en abril inicia la construcción de una casa con una sola planta en los terrenos de La Alameda.

Originalmente conocida como Quinta La Alameda, la casa se convirtió en el lugar de retiro favorito de los marqueses. Tanto fue así que Montúfar, aún como presidente de la Audiencia en 1760, ordenó la construcción de un parque ajardinado en los terrenos de pastoreo hacia donde la casa tenía su frente. El parque La Alameda fue terminado en 1761 e incluía una hermosa laguna, y fue la última obra que el marqués inauguró durante su periodo al frente del gobierno colonial quiteño.

Después de la muerte del marqués, acaecida solo un año después de la de su esposa (1763), y al no ser parte del mayorazgo del marquesado, la propiedad fue heredada por su último hijo Joaquín de Montúfar, quien tomó posesión de ella en 1781. El nuevo propietario amplió la casa de su madre entre 1788 y 1789, para mudarse junto a su pequeña hija María Mercedes, de quien se hizo cargo tras la muerte de su esposa, Josefa de Larrea y Yerovi-Freire, en 1787.

Joaquín de Montúfar murió en 1803, por lo que la quinta pasó a propiedad a su hija María Mercedes de Montúfar, que en 1806 cambió su apellido por el de Freire, para así poder heredar el mayorazgo de Cochasquí que había pertenecido a su bisabuela materna. A mediados de 1812, María Mercedes vendió la propiedad a su primo Juan Pío, para que comenzara la construcción de un palacio ahora que era rey de Quito.

Es a partir de éste punto que La Alameda empieza su camino como residencia palaciega.